เนื้อหาใน Shadow of Rose จะดำเนินเรื่องราว 16 ปีต่อมา หลังจากเหตุการณ์ในภาค Village ด้วยความที่ Rose เป็นอาวุธชีวภาพในทางเทคนิค คาดเดาได้ว่าตลอดระยะเวลาที่เธอเติบโตขึ้นมานั้น อยู่ภายใต้การดูแลของ Chris และ BSAA ตลอด ทำให้เธอต้องเติบโตมาโดยไม่มีพ่อและต้องอยู่ห่างจากแม่ และถูกสังคมรังเกียจจากตัวตนและพลังที่เธอมี ทำให้เธออยากจะหาวิธ๊กำจัดพลังของตัวเองออกไป
Canine หรือ K สมาชิกหน่วย Hound Wolf ได้มาหาเธอ และมีการเล่าว่า Chris พยายามชวนเธอเข้าหน่วย Hound Wolf แต่เธอปฏิเสธไป และ Canine ได้บอกเธอว่าค้นพบวิธีที่จะกำจัดพลังในตัวเธอได้แล้ว โดยวิธีการก็คือการใช้ Purified Crystal หรือคริสตัลชำระล้างที่อาจจะมีพลังในการทำลายและยับยั้งเชื้อรา Mold แต่ข้อมูลที่มีในตอนนี้ยังไม่พอ Canine จึงต้องการให้ Rose เข้าไปในโลกของ Megamycete เพื่อหาข้อมูลเพิ่มเติม สาเหตุเพราะ Rose เป็นพาหะของเชื้อจึงสามารถเข้าไปได้ และการเดินทางของเธอก็เริ่มต้นขึ้น
เมื่อเข้ามายังโลกของ Megamycete สิ่งแรกที่เธอเจอก็คือร่างก๊อปปี้ของเธอเป็นจำนวนมากที่กำลังถูกไล่ฆ่าอย่างเหี้ยมโหดโดยฝีมือของดยุคภายในปราสาท Dimitrescu เธอได้รับความช่วยเหลือจากบุคคล (หรือพลังงาน) ลึกลับที่บอกว่าตัวเองชื่อ Michael โรสถูกหลอกล่อให้ตามหาหน้ากากทั้ง 3 ก่อนจะพบว่าคริสตัลนั้นเป็นของปลอม และดยุคได้เรียกกองกำลังออกมาหวังจัดการเธอ แต่ในตอนนั้น Michael ก็ได้ออกมาช่วยเหลือ แต่เธอก็จมดิ่งลงไปยังชั้นความทรงจำของ Megamycete ที่ลึกขึ้นและอันตรายมากยิ่งขึ้น
Rose ลงมายังอีกชั้นหนึ่งของความทรงจำ และคราวนี้ฉากหลังก็คือบ้านตุ๊กตาของ Beneviento เธอต้องไขปริศนาฝ่าความสยองขวัญก่อนจะพบว่าแท้จริงแล้ว ทั้งหมดเป็นฝีมือของ Eveline ในขณะที่เธอกำลังเข้าตาจน Michael ก็โผล่มาช่วยเธออีกครั้ง และคราวนี้ทุกอย่างก็ยิ่งชัดเจนว่า Michael แท้จริงแล้วก็คือ Ethan
เมื่อลงมายังอีกชั้นหนึ่งของ Megamycete เรื่องราวก็เปิดเผยว่าทั้งหมดเป็นแผนของ Miranda ที่พยายามหลอกล่อให้ Rose เข้ามาในโลกของ Megamycete และยังคงพยายามหาหนทางที่จะชุบชีวิตลูกสาวตัวเองขึ้นมา การต่อสู้ครั้งสุดท้ายในโลก Megamycete จบลงที่ Rose ยอมที่จะเก็บพลังของเธอไว้ต่อ เพื่อต่อสู้กับ Miranda และช่วยเหลือพ่อของเธอยังไม่หายไปอย่างสมบูรณ์ Ethan และ Rose ร่วมมือกันจัดการ Miranda ลงได้ในที่สุด
พ่อลูกได้คุยกันอย่างอบอุ่นในช่วงท้าย ก่อนที่ Rose จะออกจาก Megamycete มายังโลกแห่งความจริง พลังของเธอยังคงอยู่ และอาจจะมากขึ้น หลังจากได้พลังของ Ethan มาด้วย และฉากจบของ DLC ก็คืิอแบบเดียวกันกับเกมหลัก ทำให้เราพอจะสรุปได้ว่า เหตุการณ์ใน Shadow of Rose นั้น เกิดขึ้นก่อนฉากจบในเกมหลักนั่นเอง ซึ่งเรื่องราวของครอบครัววินเทอร์ก็ถือว่าจบลงแล้ว แต่ยังคงมีปมปริศนามากมาย ที่เราต้องรอดูว่าจะเฉลยหรือไม่ในภาคต่อ ๆ ไป
